Процесс: вначале снял галочку в настройках "запускать автоматически". Помогло - вместо двух раз стал стартовать единожды. Но... Как так то?! Полез читать в интернетах о подобных ситуациях. Таки нашел. Отличный блог, где человек уже нашел разгадку. Оказывается BlueSoleil тянул скайп за собой.
Решение: идем в каталог
C:\Program Files\IVT Corporation\BlueSoleil
открываем «bttl.ini», и правим там параметр «bRunSkysoleil=1», на «bRunSkysoleil=0»Автозагрузка
плюс в файле «IM.ini» находим текст
[CONFIG]
Number=1
[IM1]
Name=Skype
Module=C:\Program Files\IVT Corporation\BlueSoleil\SkypeAgent.dll
Enable=TRUE
TRUE меняем на FALSE
Финал: Перезагружаемся, радуемся! =)
За съэкономленное время и нервы спасибо автору заметки "Дружок Скайпа"